10000 ufc ml escherichia coli

infections des voies urinaires (IVU) comprennent les infections limitées à la vessie (cystite), qui sont extrêmement courantes chez les femmes et peuvent causer des douleurs à la miction, ainsi que des infections plus graves qui impliquent également les reins (pyélonéphrite). Si vous êtes clinicien, vous êtes probablement familier avec le processus de demande d’échantillons d’urine chez les patients présentant des symptômes d’infection urinaire, et vous êtes tout aussi familier avec la réception et l’action en fonction des résultats. Mais qu’arrive-t-il exactement à cette urine, et aux organismes qui peuvent s’en développer, entre le moment où elle quitte la vessie et le moment où le rapport apparaît dans le dossier médical ?

De la vessie à la tasse au banc

L’une des variables les plus importantes dans le processus de culture de l’urine est la méthode de collecte. La vessie elle-même est généralement considérée comme un environnement stérile (Bien que, comme nous le verrons plus tard, ce ne soit pas toujours le cas), mais les organes génitaux externes sont colonisés par des bactéries commensales qui peuvent contaminer les échantillons d’urine et finalement se développer en culture. L’aspiration sus-pubienne, dans laquelle une aiguille est insérée directement à travers une peau soigneusement nettoyée dans la vessie, est le moyen le plus efficace d’éviter le risque de contamination urogénitale, mais cette méthode est relativement invasive et rarement utilisée. Pour les nourrissons, les jeunes enfants et les autres personnes qui ne sont pas en mesure d’uriner directement dans un contenant d’échantillon (par exemple, les personnes qui ont une vessie neurogène), l’urine peut être recueillie à l’aide d’un cathéter de Foley, qui est inséré dans la vessie à travers l’urètre ; Cette méthode limite également la contamination.

Les enfants plus âgés et les adultes qui le peuvent peuvent simplement fournir un échantillon d’urine « évacué », c’est-à-dire qu’ils font pipi dans une tasse. L’approche des prises nettes à mi-parcours est recommandé pour les échantillons d’urine évacués afin de réduire le risque de contamination. Cependant, il n’existe aucun moyen d’empêcher entièrement la possibilité de contamination, et des preuves récentes suggèrent que le nettoyage et l’utilisation d’un échantillon à mi-parcours peuvent ne pas réduire la contamination du tout. (En revanche, la méthode de collecte d’urine en sac parfois utilisée chez les nourrissons, dans laquelle l’urine est recueillie dans un sac en plastique collé à la région périnéale, peut ne pas être aussi sujette à une contamination cliniquement significative qu’on le suppose généralement). Comme nous le verrons, la probabilité relative de contamination avec différentes méthodes de prélèvement d’échantillons devient importante dans l’interprétation clinique des résultats de culture d’urine.

Une fois qu’un échantillon d’urine a été prélevé, il doit être transporté au laboratoire. Parce que la quantité de bactéries est un facteur important dans l’évaluation de la signification clinique potentielle de tout organisme Présent dans l’échantillon, il est important de limiter la croissance bactérienne entre le moment du prélèvement de l’échantillon et le placage pour la culture. Si l’échantillon d’urine est conservé à température ambiante, il doit être emballé dans les 2 heures suivant le prélèvement. Le délai entre le prélèvement et le placage peut être prolongé jusqu’à 24 heures si l’échantillon est conservé au réfrigérateur ou s’il est transporté dans un contenant contenant de l’acide borique comme agent de conservation.

Il

faut généralement environ une journée pour que les bactéries d’un échantillon d’urine atteignent une quantité suffisante pour être détectées et identifiées à l’aide de techniques de laboratoire de microbiologie clinique standard, et par conséquent, il faut également au moins autant de temps pour déterminer que les bactéries ne sont pas présentes dans la culture. Cependant, des informations précieuses sur la probabilité d’une infection urinaire peuvent être obtenues rapidement grâce à l’analyse d’urine. Globules blancs dans l’urine, qui reflètent l’inflammation typique de infection, peut être détectée et quantifiée par analyse d’urine. La présence de ≥10 globules blancs par μL (ou >5 par champ de haute puissance) est presque toujours observée chez les personnes atteintes d’une infection urinaire. Une analyse d’urine peut également tester la présence de nitrites, qui sont produits par des espèces bactériennes à Gram négatif capables de réduire les nitrates en nitrites ; ces espèces comprennent Escherichia coli , la cause la plus fréquente d’infection urinaire. Une bandelette réactive d’urine au point de service peut fournir des informations préliminaires sur ces tests en quelques minutes, tandis qu’une analyse d’urine microscopique fournit des résultats plus quantitatifs et sensibles. Les résultats de l’analyse d’urine fournissent également des informations sur d’autres paramètres de l’urine, y compris le pH et la présence de globules rouges, de protéines et d’autres matériaux qui peuvent être des indications de diverses  maladies rénales non liées à l’infection.

Si l’analyse d’urine d’une personne présentant des symptômes d’infection urinaire confirme une infection urinaire probable, un médecin peut Commencer un traitement antibactérien empirique basé sur les organismes causaux les plus probables en attendant les résultats de la culture pour adapter le traitement. D’autre part, une analyse d’urine normale suggère qu’une infection urinaire est moins susceptible d’être la cause des symptômes. Un certain nombre de programmes de gestion diagnostique ont évalué la mise en œuvre de protocoles de culture d’urine « réflexes », dans lesquels une culture n’est effectuée que si l’analyse d’urine est évocatrice d’une infection urinaire. Des études sur de telles approches indiquent qu’elles peuvent être efficaces pour réduire en toute sécurité la consommation inutile d’antibiotiques. Il est également important de noter que la bactériurie asymptomatique, ou la présence de bactéries dans l’urine d’une personne qui ne présente pas de symptômes d’infection urinaire, ne nécessite pas de traitement dans la plupart des cas (les femmes enceintes sont une exception), de sorte que les cultures d’urine ne doivent généralement pas être obtenues chez les personnes en l’absence de symptômes d’infection urinaire.

La caractéristique principale : la culture

Les cultures d’urine sont plaquées quantitativement, à l’aide d’une boucle d’inoculation calibrée qui capte 1 ou 10 μL d’urine ; lorsque des colonies se développent sur la gélose, le nombre d’unités formant colonies par millilitre (UFC/mL) peut être calculé en multipliant par 1000 ou 100, respectivement. La quantification des bactéries dans les cultures d’urine est essentielle, en particulier pour les échantillons évacués car, comme nous l’avons noté ci-dessus, la contamination des échantillons d’urine par la flore urogénitale est courante. L’identité des organismes qui se développent, la quantité dans laquelle ils se développent et le type de spécimen sont tous pris en compte lors de l’interprétation des résultats de la culture. Les laboratoires de microbiologie clinique utilisent des algorithmes détaillés pour déterminer quelles bactéries sont signalées au clinicien et comment Ils sont décrits dans le rapport. Les algorithmes complets de notification sont complexes et varient dans une certaine mesure d’un laboratoire à l’autre, mais certains principes sont communs à tous :

• lorsque seulement 1 ou 2 types de bactéries se développent et sont présents en grande quantité (c’est-à-dire ≥10 000 UFC/ml), elles sont presque toujours identifiées au niveau de l’espèce et signalées comme telles.
• Lorsque 3 types de bactéries ou plus se développent et qu’aucune d’entre elles ne prédomine (c.-à-d. qu’aucune n’est présente à >100 000 UFC/ml), les résultats peuvent être déclarés comme une « flore bactérienne mixte ». Lorsque les
• bactéries sont présentes en plus petites quantités (c.-à-d. <10 000 UFC/mL), elles peuvent être signalées plus en détail si elles proviennent d’échantillons qui sont plus susceptibles d’être stériles (p. ex. urine cathétérisée) qu’à partir d’échantillons plus susceptibles d’être contaminés (p. ex., urine évacuée).
• Les tests de sensibilité aux antimicrobiens ne sont généralement pas effectués sur des organismes qui sont rarement des uropathogènes (p. ex. les espèces de streptocoques).

L’objectif de ces algorithmes est de s’assurer que les bactéries à l’origine de la maladie sont signalées avec précision afin que les patients puissent être traités, tout en évitant de signaler inutilement des bactéries qui sont très peu susceptibles de provoquer une infection urinaire afin d’éviter une utilisation excessive d’antibiotiques. Bien sûr, il peut y avoir certaines situations cliniques dans lesquelles il pourrait être approprié d’évaluer plus en détail une culture mixte ou une culture avec un organisme qui n’est généralement pas un uropathogène (par exemple, si un patient a du matériel urinaire à demeure), donc, comme toujours, les cliniciens peuvent appeler le laboratoire de microbiologie pour demander plus de détails sur ce qui a poussé exactement sur une plaque particulière ou pour demander que des examens supplémentaires soient effectués dans des cas spécifiques.

La facilité relative d’obtention d’un échantillon d’urine et la croissance rapide de la plupart des uropathogènes en culture signifient que l’infection urinaire est souvent un diagnostic apparemment simple. Cependant, l’interprétation des cultures d’un échantillon qui doit traverser le microbiote dense de la région urogénitale avant d’atteindre le récipient de l’échantillon nécessite un travail très minutieux dans le laboratoire de microbiologie clinique, où les professionnels de laboratoire médical, utilisant leur expérience de la reconnaissance des colonies de concert avec des algorithmes détaillés, doivent trouver un équilibre entre la nécessité d’un diagnostic et le risque d’une trop grande quantité d’informations (cliniquement non pertinentes).